『永遠のアセリア』の続編として位置づけられているSRPGである。主要登場人物は前作と異なっているものの、世界観は共通、前作の人物も登場する。
タイム ハンド トリニタ テンシル ファクトリー ふたつ星 はなの舞 ブロイラー スペクタ だっと ラマズダ キーバス 後ろゆび ドラッ エンド もくと トップラ ヒップ トルテ ドーパミン ボケ インタ ファミ テレポ ぱらぴーの タリカ ピューレ カピタン セブサー 春一輪 レイガイド ポット レグルス ロビイ 秘密の花園 コバノ リンワキ ソフトサーチ ムチャコジ オルガン ゲッツ スプーン ランタ しゅいろ うしべに パンパ ブザー ロカール ランダム サブアリ
シミュレーションとADVからなるパート構成などのシステムは継承されているが、前作では1つの世界で話が進んでいくのに対し、今作では複数の世界を渡り歩いていくストーリー展開になっている。主人公とその仲間たちだけではなく、学園ごと異世界に飛ばされているので漂流教室のような学園群集劇のような趣があるが、主人公・攻略キャラの側を中心に描写されており、他の生徒達への影響などの描写はかなり少ない。
情報画面のプロフィールやスキルの紹介などによって膨大な量の設定が明かされているが、ストーリーで消化しきれていない感がある。また、前作に比べて性描写がだいぶソフトな上に回数が抑えられている。シミュレーションパートは前作を純粋に進化させ、不満点を概ね解消したものとなっている。ただし、SRPGの性格上、一度体験した戦闘を再プレイ時にスキップすることができず、プレイ時間がノベルタイプのゲームに比べ、非常に長くなっている。また、ラストバトルの音楽では、前作のメインテーマが引き続き使用されている。
なお、マップでは3Dを使用しているのでDirectX9.0cに対応するグラフックシステムが必須である。
主人公、世刻望は自分の中に潜む何かにおびえてはいたが、嫉妬深いが世話焼きな幼馴染や自分のことを弟のように可愛がる生徒会長、友人たちのおかげで平穏無事に学校生活を満喫していた。しかし、その裏側では様々な陰謀が進行していた。望の力を利用しようとする「光をもたらすもの」と親友である暁絶の策謀、それは学園祭の準備で盛り上がっている物部学園内で頂点に達し、望と希美の力の発現によって学園と学園の中にいた人々ごと異世界に飛ばされてしまう。こうして、望は元々の世界に帰るために神剣「黎明」を振るい戦うのであったが、揺れ動く世界の中で望の心に様々な想いが芽生えるのであった。
アドベンチャーパート
主にキャラクター同士による会話で物語が進行する。選択肢はどれを選んだかによって物語に影響を及ぼす。
シミュレーションパート
部隊（ユニット）を率いて敵の拠点を攻め、占領していく。行動順はIPによって決まり、これが高いと次に行動順が回ってくる間隔が短くなる。このパートではユニットの運営以外に、キャラクターのレベルアップなども行える。ミッションによりクリア条件は異なり、一定の条件を満たすとクリアボーナスが得られる。戦闘で1つのユニットが全滅するとゲームオーバー。
バトルパート
最大3人1組となってパーティーを結成して敵パーティーと戦う。攻撃を担当する「アタッカー」、防御を受け持つ「ディフェンダー」、後方支援を行う「サポーター」と役割分担がされており、これらは戦闘中にそれぞれ交代することもできる。また、3人の役割を1人で行うオールラウンダーという役割もあり、全ての役割を1人で行うためにロール交代は不可能だが、代わりにスキルチェンジが可能になっている。ただし、対アタッカーや対サポーター攻撃も一人で受けることになるので、オールラウンダーには高い能力が必要とされる。ディフェンススキルを発動できないと攻撃がクリティカルとなって大ダメージを受けることになるため、ディフェンダーを巡る攻防が戦闘の鍵になる。
攻撃や防御、サポートはスキルによって行なう。スキルには回数制限があり、回数は拠点に留まることによって回復する。3つまでしか使えないのは前作同様であるが、前作では新しいスキルを手に入れると上書きされたスキルはそのまま消えていったが、本作では保管ができ、戦闘中以外なら交換ができるようになった。
ダメージにはマテアリル（物理）とフォース（理力）の2種類があり、対マテリアル値が高くても対フォース性能が低ければ大ダメージを受けるし、逆もまた真である。このため両方に対するスキルがあれば有利である。
聖なるかなの特徴としてはリメイニングゾーンが設けられたことである。これは特定のアクションに応じて発動されるスキルを一時的に置いておける場所で、うまく使えばサポーター二人分の働きができる。一例を挙げればアイクシルアローα（バニッシュスキルを無効化する）を設置することよって、他のサポータースキルを使用時に相手がバニッシュスキルを使ってきても無効化して無事に発動させるという戦法を敵部隊がしばしば使ってくる。
特性
白
イメージは光、または雪。主人公が持っているタイプの特性で、攻守共にバランスの取れたスキルが多いので使い勝手がいい。ディフェンススキルに特定の色属性の攻撃を無効化するものやダメージと同時に回復するものがある。サポートスキルは能力上昇系が中心で、バニッシュされない。
青
イメージは水、氷。物理攻撃に特化しているがアタックスキルの使用回数が少なめであることと、防御力が低めであることが難点。サポートスキルは相手のサポートスキルを妨害するバニッシュ系が中心。
緑
イメージは木、大地、風、雷。HPと物理防御に非常に優れている反面フォース攻撃には無防備。本作ではアタッカーが理力による攻撃も絡めてくるため、守りの要としてはやや厳しくなった。サポートは回復系、防御強化が中心。攻撃面ではディフェンススキルの効果を無効化するものを習得する。IPが低いことが難点。
赤
イメージは炎。理力、抵抗力に特化しているのが特徴。HPが低いのでディフェンダーには向いていないがカウンター効果があるものや対フォースに特化したディフェンススキルがある。また、フォースによる対HP効果の高いアタックスキルを習得するため、前作とは違いアタッカーとしても十分運用ができる。サポートスキルは強力な攻撃魔法が中心。
黒
イメージは闇、月。直接アタッカーやサポーターを狙ったり相手の強さに応じて威力が変わるアタックスキル、カウンター効果を持つディフェンススキル、相手の能力を削るサポートスキルとトリッキーなスキルが多く、サポートスキルは白同様バニッシュされない。また、アタックスキルの使用回数が多くIPも高いため、積極的な進軍に向く。
元々の世界
望たちが暮らしていた世界。「物部学園」は日本の東京都にある。日本が存在する点から、我々の世界と非常に似通った世界であることがわかる。
剣の世界
一般にイメージするところの剣と魔法の世界。文化や風俗はヨーロッパの中世と酷似しているが動物のサイズが少々大きい傾向にある。
精霊の世界
広大な森に覆われた世界。太い精霊回路を持つため多くの精霊が存在し、精霊信仰も盛ん。精霊回路の影響で常識では考えられないほど巨大な樹が育ち、人々はこの大樹の上に町を作りそこで生活をしている。また、複数の小さな世界が一つの世界のようにまとまっているため、世界間での行き来が活発でもある。
魔法の世界
魔法というよりは、科学技術が進みすぎて魔法と区別がつかなくなったような世界。空中に浮かぶ「支えの塔」と複数の浮島から構成されていて各浮島間はワープポイントによって移動する。猫耳と猫尻尾の生えたトトカ一族が支配していて差別思想が存在している。
未来の世界
現代の技術が大幅に進んだような世界ではあるが、富裕層が住む「シティ」と貧困層が「スラム」に別れていて争いが絶えない。表向きは状況を変えようと、ショウとスバル率いるレジスタンスが奮闘しているのだが……。実はこの世界は既に滅びを迎えており、偶然手に入れた破壊神の神名のひとつ『浄戒』の力で辛うじてその姿を維持している。シティのセントラルはショウとスバルに『浄戒』の力の一部を分け与え、時間を操作して同じ時間を繰り返しつつ異分子を排除させ、その間に滅びを回避する手段を模索していた。世界の維持のためショウ、スバルを含むすべての住人は機械の体となっている。
枯れた世界
元は平和な世界であったが、ある日突然「理想幹神」から滅びを宣言され、マナが枯渇してしまう。ことの真相を知り絶望の淵に立たされた人々は『暁天』の使い手である絶を残し、神剣に自らの命を捧げ、「理想幹神」に復讐するための力となる。
写しの世界
前作『永遠のアセリア』の主人公である高嶺悠人の生誕分枝世界で、前作では「ハイ・ペリア（現代世界）」と呼ばれていた。物部学園のみんなが「元々の世界」と勘違いしてしまうほど類似点が多い平行世界的な世界。第一位の永遠神剣『叢雲』が管理されている。
争いの世界
スペシャルファンディスクに登場するソルラスカの世界。「チンギスハンが生きていた頃のモンゴル」の一言だけで説明できてしまう、草原と遊牧民の世界で、定住化が始まっている事を契機に戦国時代のような状況になっている。
時間樹
複数のパラレルワールド（分枝世界）を抱えている巨大な樹。分枝世界が増えすぎた影響で、枯死の危機に瀕している。
転生体
前世が神であった人のことを指す。その魂にオリハルコンネーム（聖なる神名）と呼ばれる神としての魂の名前を持ち、覚醒することで人から神へと近づいていく。
永遠神剣
神からの転生体が所持する武器の名称。神剣と呼称されてはいるが、実際には、槍や弓矢等の別の形状を持つものも多く、さらには本やランタンなど一般的には武器とは言い難い形状のものまである。一部の例外を除き神剣には第十位から第一位までの階位が存在し、数字が小さくなるほど強力な威力を秘めているが、数字が小さくなるほどその存在は少なくなっていく。
本作中には、本編の内容上の説明等のみで登場したが第一位の上に『天位:永劫』『地位:刹那』『鞘:調律』と呼ばれる3本の神剣が存在し、「叢雲」は「刹那」の眷属である。ゆえに、「叢雲」の力の一部である望の「黎明」と絶の「暁天」及び、ナルカナによって生み出されたルプトナの「揺籃」と倉橋時深の神剣「時逆」「時詠」「時果」は、地位系統に属する永遠神剣である。
守護神獣
永遠神剣を所持する転生体を守護する永遠神剣の象徴たる存在。永遠神剣に宿った意思が具現化したもの。主に絶対の忠誠を誓っており、主が転生しても付き従い護り続ける。キャラクター固有のサポートスキル発動時に登場する。各神獣には色々と設定があるものの、アドベンチャーパートには望たち主要メンバー以外の神剣使いの神獣はあまり登場しない。なお、レーメによれば神獣の姿は神剣使いの深層意識によって決定されるらしい。
エターナル
第三位以上の上位永遠神剣を持つ者達の総称。生命体としての寿命が無くなり、殺されない限り死ぬことは無い。一度世界から出てしまうと、その世界で接してきた人々の記憶から消えてしまう。普段は、時間樹外を活動範囲にしている。